Il est préconisé de séparer les individus déjà par espèces pour plusieurs raisons d'abord en cas de maladies toujours difficiles à détecter chez les tortues et souvent on réagit trop tard ; conséquence il faut traiter tout le cheptel au lieu d'un animal.....Puis il y a toujours un individu qui prend le dessus sur l'autre quelque soit le sexe et donc le dominé rencontre souvent des problèmes (croissance retardée, stress dû à la surpopulation pouvant conduire à des problèmes de santé....).Dans la nature ils peuvent fuir ce qui n'est pas le cas en captivité.
Par espèces, pour les mêmes raisons que précédemment et pour des raisons de prophylaxie ; chaque espèce a sa propre sensibilité aux maladies et réagit donc différemment. Il y a donc risque de transmission de maladies pour lesquelles certaines espèces ne sont pas armées vu qu'elles ne les rencontrent pas dans leur milieu.
Et puis il y a le risque de produire des hybrides si on a des adultes.